Banderasin elokuvaura lähti nousuun paljolti maanmiehensä ohjaaja Pedro Almodóvarin ansiosta, sillä heidän yhdessä 1980-luvulla tekemänsä elokuvat toivat Banderasin entistä suuremman yleisön tietoisuuteen. Hänen tämän ajan läpimurtoelokuvansa oli vuonna 1990 valmistunut ¡Átame!, jonka Almodóvar ohjasi. Elokuva sai pientä suosiota myös Yhdysvalloissa.
Banderas muutti Yhdysvaltoihin ja sai muutamia pieniä rooleja elokuvista. Vuonna 1992 hän esiintyi elokuvassa The Mambo Kings ja seuraavana vuonna Tom Hanksin kanssa elokuvassa Philadelphia. Vuonna 1995 Banderas esiintyi pääroolissa Salma Hayekin kanssa elokuvassa Desperado, ja vuonna 1996 hän oli kertojan roolissa samannimiseen musikaaliin perustuvassa elokuvassa Evita. Jälkimmäisessä elokuvassa Banderas myös lauloi.
Vuonna 1998 Banderas esitti Zorroa elokuvassa Zorron naamio, jonka päärooleissa esiintyivät lisäksi Catherine Zeta-Jones ja Anthony Hopkins. Vuodesta 2001 vuoteen 2003 Banderas esiintyi elokuvatrilogiassa Spy Kids. Vuonna 2003 hän myös näytteli Desperadon jatko-osassa Once Upon a Time in Mexico ja kaksi vuotta myöhemmin hän esiintyi elokuvassa Zorron legenda. Banderas on lisäksi antanut äänensä Saapasjalkakissalle elokuvassa Shrek 2 (2004) ja Shrek 3 (2007)